PCR儀可以分為四類：1、原位PCR儀：用于從細胞內靶DNA的定位分析的細胞內基因擴增儀，是保持細胞或組織的完整性，使PCR反應體系滲透到組織和細胞中，在細胞的靶DNA所在的位置上進行基因擴增。
2、實時熒光定量PCR儀：是指在普通PCR儀的基礎上增加一個熒光信號采集系統和計算機分析處理系統。使用引物和熒光探針同時與模板特異性結合擴增。擴增的結果通過熒光信號采集系統實時采集型號連接輸送到計算機分析處理系統得出量化的實時結果輸出。當只用一種熒光探針標記的時候，選用單通道，有多熒光標記的時候用多通道。
3、普通的PCR儀：是指把一次PCR擴增只能運行一個特定退火溫度的PCR儀。主要是做簡單的，對目的基因退火溫度的擴增。儀器主要應用于科研研究、醫學臨床等機構。
4、梯度PCR儀：是指把一次性PCR擴增可以設置一系列不同的退火溫度條件。通過設置一系列的梯度退火溫度進行擴增，從而一次性PCR擴增，就可以篩選出表大量高的zui適退火溫度，進行有效的擴增。
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