多功能酶標儀的光學系統采用的是垂直光路多通道(通常為8或12通道，亦有單通道)檢測，一般為硅光管或光導纖維，除測定通道外，有的多功能酶標儀還有一個參比通道，每次測定可進行自我校準。多功能酶標儀的光學系統功能如何，均可通過多功能酶標儀測定的吸光度范圍、線性度、精密度和準確度等體現出來。光學系統好的話，則上述指標也應較佳。測定的精密度與測定通道之間的均一性有直接關系。多功能酶標儀單通道可避免因通道不同所致的差異。